La struttura di gestione dei processi e degli script da avviare al boot sulla base delle directory /etc/rc.* permette di stabilire cosa eseguire e cosa no con una logica ben precisa anche se non particolarmente semplice.
Su tutti gli Unix esistono tool, testuali o grafici, che permettono di gestire più facilmente quali servizi avviare al boot.
Per esempio, su distribuzioni RedHat, utilizzando il comando ntsysv è possibile accedere ad un tool grafico (su interfaccia testuale) dedicato.
I processi identificati da un asterisco (*) e dal nome del servizio indicano che il processo verrà attivato al boot, altrimenti i processi identificati solo dal nome del servizio e da una casella vuota indicano i processi che non verranno fatti partire.
Alternativamente si può usare il comando serviceconf su interfaccia grafica o il comando shell chkconfig.
In genere tutti gli strumenti "all purpose" di amministrazione della macchina prevedono una parte di gestione del boot. Su AIX si può usare smitty, su Suse Linux Yast, su Mandrake Linux Drake ecc.
Anche sotto XWindow sono disponibili svariati programmi per eseguire questa funzione.
A prescindere dallo strumento usato, è molto importante disattivare, nella fase di boot, l'avvio di tutti i processi e servizi non utilizzati, sia per evitare sprechi delle risorse del sistema che per ragioni di sicurezza.