Tra gli ambienti per cui è stato sviluppato ntop sono presenti anche i sistemi Windows 95/98/ME/NT/2K/XP.
Mentre le varie versioni Unix sono distribuite free of charge, la versione precompilata completa per Windows è disponibile a pagamento. Gli autori hanno fatto questa scelta in quanto lo sviluppo per questo ambiente comprende i costi per la lincenza del sistema operativo e per il relativo software di sviluppo.
La versione Windows fa comunque parte dello stesso albero sorgente delle versioni Unix ed il codice è liberamente scaricabile. Una versione demo precompilata è disponibile per il download sul sito degli autori, ma con la limitazione alla cattura di 1000 pacchetti. Per usufruire della full version sono possibili due vie: ricompilare i sorgenti togliendo la limitazione oppure registrare la propria versione di ntop per Windows in modo da ottenere quella senza restrizioni.