Attenzione a come si utilizza la direttiva scriptAlias:
SI: ScriptAlias /cgi-bin/ "/usr/local/apache/cgi-bin/"
NO: ScriptAlias /cgi-bin/ "/usr/local/apache/cgi-bin"
Lo / finale forza la residenza dello script all'interno della directory, altrimenti si potrebbe lanciare /usr/local/apache/cgi-bin