Di seguito sono elencati alcuni metodi per la configurazione di una CGI directory definibili ottimali sia per quanto riguarda l'aspetto sicurezza sia per quanto riguarda la semplicità di configurazione.
Uso della direttiva ExecCGI e SetHandler.
<Directory "/usr/local/apache/cgi-bin">
AllowOverride None
Options ExecCGI
SetHandler cgi-script
Order allow, deny
Allow from all
</Directory>
Con il supporto della direttiva AddHandler o AddType possiamo specificare anche l'estensione dei file che devono essere considerati come CGI script
<Directory "/usr/local/apache/cgi-bin">
AllowOverride None
Options ExecCGI
AddHandler cgi-script .cgi
Order allow, deny
Allow from all
</Directory>
<Directory "/usr/local/apache/cgi-bin">
AllowOverride None
Options ExecCGI
AddType application/x-httpd-cgi .cgi
Order allow, deny
Allow from all
</Directory>