Tutti i comandi SSI sono inseriti nel codice html come commento, seguendo la seguente sintassi:
< !-- # commando parametro=valore parametro1=valore1 ... -- >
Se a lato server sono abilitati i SSI il contenuto dei tag di commento dell'HTML viene sotituito con l'output del comando, altrimenti il browser è come se ignorasse tutto il contenuto contenuto nei tag di commento.