La gestione dei file e del filesystem viene regolata attraverso la direttiva Options, la quale tratta una o più opzioni come parametri. Ogni parametro controlla un diverso aspetto della gestione del file.
Per esempio: Options
ExecCGI FollowSymLinks con il primo parametro permette ad Apache di eseguire file .cgi (o come altrimenti definiti) come cgi scripts, mentre il secondo permette ad Apache di "seguire" i link simbolici.
Le opzioni permesse sono 7, escluse le opzioni globali All e None, abilitate tutte di default tranne MultiViews.
All Abilita tutte le features tranne MultiViews. Default setting.
ExecCGI Abilita l'esecuzione di script CGI, inoltre è richiesto per ogni contenuto eseguibile.
FollowSymLinks I link simbolici vengono "seguiti".
SymLinksIfOwnerMatch Il server seguirà i link simbolici i cui target hanno lo stesso owner UID del link. Opzione disabilitata da FollowSymLinks se sono entrambe specificate o se si usa All.
Includes Abilita l'uso di server-side includes.
IncludesNOEXEC Permette i server-side include disabilitando l'esecuzione di comandi locali (potenzialmente pericolosa).
Indexes Se l'URL richiesta punta ad una directory priva di una index (index.php, index.html...), Apache genera una lista del contenuto della directory.
MultiViews Viene abilitata la Content negotiation.
None Disabilita tutte le opzioni. Per motivi di sicurezza è bene che venga utilizzata come opzione di default ed abilitate le singole opzioni per directory.
Le direttive per la gestione della configurazione: IfModule, IfDefine, Include, Options e Overrides.